Nació en Amalfi, Antioquia el 15 de mayo de 1965. Es uno de los menores de una familia campesina de doce hermanos, que tenía algún ganado lechero. Dice que vendió quesos cuando era niño, trabajando en el negocio familiar.  Su hermano mayor, Fidel, se fue de la casa siendo casi un niño por el trato rudo que les daba su papá. Regresó como un potentado a Amalfi, ya asociado con Pablo Escobar en los negocios de la coca. Carlos dice en Mi Confesión, unas memorias que escribió con la ayuda del periodista Mauricio Aranguren en 2001, que estudió en Medellín en una escuela. En realidad no estudió allí, sino que se unió como sicario en la organización de Escobar en la capital paisa desde los  15 años o 16 años.

Más adelante, cuando a su padre, Jesús Antonio Castaño González, lo asesinaron, Fidel se llevó a Carlos y a otros hermanos para sus tierras y armó un grupo de venganza contra las Farc. El primero en la larga lista de crímenes de los Castaño fue Conrado Ramírez, uno de los guerrilleros responsables del secuestro. Así nacieron las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Uraba, que con la ayuda de algunos oficiales del Ejército se dedicaron a sembrar el terror en el Urabá antioqueño y en Córdoba, como método para expulsar a la guerrilla, y de paso hacerse a tierras.

En Mi Confesión, Carlos asegura que estuvo en Israel y fue entrenado allí en paracaidismo, entre muchas otras historias que construyó seguramente con los relatos que  escuchó de lo que había vivido su hermano Fidel. Sin embargo, cuando se han constatado, como la historia de Israel, resultan falsas. Carlos también se atribuyó la muerte de Carlos Pizarro, pero según dijo el propio Fidel a varios ex miembros del M-19, quién dio la orden fue él mismo. Es como si Carlos hubiera querido hacer su vida más interesante robándole parte de la historia a su hermano.

Se sabe sí, que ya en las Accu, Carlos fue enviado a Medellín a consolidar las nacientes Autodefensas. Allí reclutó muchos ex oficiales del Ejército para la causa y coordinó con bandas de sicarios de Medellín los asesinatos de  no solo de los guerrilleros o comunistas, sino también de jueces, fiscales, profesores e intelectuales defensores de los derechos humanos, como Jesús María Valle y de políticos como Bernardo Jaramillo, candidato presidencial de la UP en 1990.

A mediados de 1992, Fidel Castaño se alió junto con varios ex socios de Pablo Escobar que se habían peleado con él, con los enemigos acérrimos de Pablo, los del Cartel de Cali y algunos agentes del Estado en la organización de los Perseguidos por Pablo Escobar, y por supuesto, Carlos hizo parte de la alianza.  Cuando los Pepes finalmente ayudan al Estado a dar con la muerte del capo del narcotráfico, Carlos, que manejaba bandas en Medellín, emergió con mucho poder en la ciudad.

Su hermano Fidel desapareció en 1994, según el relato del mismo Carlos, por una bala del EPL. Curiosamente Carlos fue quien dio la última entrevista de Fidel, pues se hizo pasar por éste para ocultar su muerte. Se ha especulado por muchos años si Fidel seguía vivo. Últimamente alias HH que fue muy cercano a los hermanos Castaño asegura que Fidel murió en combate con la guerrilla, pero otros hombres de la organización manejan la teoría de que fue el propio Carlos quién mató a su hermano para suplantarlo en la jefatura de la Accu.

Carlos, en efecto, se convierte en el jefe militar de las Accu y sigue con la gesta de terror por la Costa Caribe, Antioquia y el Urabá. Hacia comienzos de 1997, y con la guerrilla creciendo en poderío y cada vez más rica fruto del secuestro generalizado, varios paramilitares, con el apoyo soterrado de varios militares y también por seis misteriosos hombres del poder legal de los que habla Castaño en su libro y cuya identidad nunca reveló, y con Castaño como mascarón de proa, se lanzan a crear una gran organización sombrilla, las Autodefensas Unidas de Colombia.  Esta acogió a todas las autodefensas de diversas regiones del país bajo una sola organización. Hoy se sabe que uno de los estrategas de las Auc fue Vicente Castaño, un hermano de Fidel y Carlos del que apenas se supo en 2004.

A Carlos lo entrenaron para que afinara un discursos político creíble durante varios meses y luego dio entrevistas cuidadosamente preparadas a los periodistas Darío Arizmendi  y luego, a Claudia Gurisatti,  y, aunque se le veían los ojos de un loco, consiguió gran apoyo para su causa entre la gente común que desconocía la barbarie paramilitar. En 1998 la declararon como las Autodefensas Unidas de Colombia, con una constitución firmada por jefes paramilitares de todas las regiones del país.

Prueba de ello es que en 2001 Mi confesión batió récord de ventas en Colombia.

Carlos Castaño fue artífice de crímenes tremendos.  Envió hombres al sur y al oriente del país, y allí cometieron  masacres de Mapiripán en el Meta, la del Naya entre Cauca y Valle; muchas en los Llanos. También fue quien orquestó el asesinato del humorista Jaime Garzón en 1999, y de decenas de fiscales y jueces que intentaron investigarlo.

En 2001 Carlos volvió a casarse con una reina de belleza de Córdoba menor que él, y tuvo una hija con el síndrome del maullido del gato. Esto, según muchos relatos, le cambió totalmente su perspectiva de la vida pues la tomó como un castigo por sus crímenes. Se convirtió entonces en el más acérrimo defensor del proceso de desmovilización que las Auc, negociaron con el gobierno Uribe desde fines de 2002.  Carlos quiso liderar una verdadera desmovilización, cortando definitivamente con el narcotráfico. Como su posición no era la de los demás jefes paras negociadores, fue perdiendo poder.  La quitaron la comandancia militar de las Auc, y cuando fue pedido en extradición por Estados Unidos, y trascendió que podía estar negociando con los americanos, los jefes perdieron confianza en él.

Según varios relatos, le dijeron a su hermano Vicente que si él no se encargaba de eliminar a Carlos, ellos matarían a los dos. Así que hombres de Vicente, comandados por alias HH, asesinaron a Carlos el 16 de abril del 2004. Éste intentó defenderse, pero tenía pocos hombres y se había quitado el yeso de un brazo que se le había roto, antes de tiempo. Unos meses después de su secreta muerte, los asesinos confesaron y la Fiscalía encontró sus huesos y constató que eran suyos.

Estructura:
Primero las Accu, después bandas de sicarios en Medellín como La Terraza, después las Auc.